| Banques générales d'acides nucléiques |
| EMBL |
au EMBL-EBI (Europe, Royaume Uni) |
| GenBank |
au NCBI (USA) |
| DDBJ |
au NIG (Japon) |
| Sequin |
outil de préparation de séquences pour soumission aux banques publiques
|
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| Banques générales de protéines |
| SWISSPROT et TrEMBL |
Séquences de protéines annotées + traductions de EMBL, site du
EMBL-EBI (Europe, UK) |
| SWISSPROT et TrEMBL |
Séquences de protéines annotées + traductions de EMBL, site de l'Université de
Genève |
| PIR |
Protein Information Resource (aux USA) |
| PRF/SEQDB |
Protein Research Foundation (au Japon) |
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| Banques de séquences spécialisées |
| Ensembl |
Séquences du génome humain et autres génomes eukaryotiques, annotées automatiquement |
| RefSeq |
Séquences standardisées de segments génomiques, mRNA's et protéines |
| UniGene |
Séquences groupées par gène |
| HOVERGEN |
Séquences codantes et protéines de vertébrés classifiés par
famille de protéines |
| EMVec |
Sous-ensemble de vecteurs de EMBL. Testez votre séquence pour contamination par vecteur |
| UniVec |
Sous-ensemble de vecteurs de GenBank. Testez
votre séquence pour contamination par vecteur |
| Vector-ig |
Intelligenetics vector databank |
| Repbase |
Séquences eukaryotiques hautement répétées |
| HIV et HCV |
séquences HIV et SIV ; séquences Hépatite C et autres flavivirus |
| STDSD |
Séquences de papillomavirus et autres virus et bactéries
sexuellement transmissibles |
| IMGT/LIGM |
Immunoglobulines et récepteurs de lymphocytes T |
| IMGT/HLA |
Antigènes humains HLA classes I et II |
| EPD |
Promoteurs pours RNA polymérase II |
| NRL_3D |
Séquences de protéines repertoriés dans la PDB |
|
|
| Banques de génomes et banques intégrées |
| Entrez |
Banque intégrée de séquences, structures, litérature, cartes
génomiques, etc., au NCBI
|
| ACeDB |
Logiciel orienté-objet dévelopé au Sanger Centre pour le génome
de C. elegans |
| GDB |
database sur le génome humain, annotée par des experts |
| NCBI Map Viewer |
cartes génomiques, au NCBI |
| UCSC Genome Browser |
cartes génomiques, à L'Université de Californie |
| LocusLink |
informations sur les locus génétiques, avec liens vers
autres banques |
| GeneCards |
informations sur les gènes humains, avec liens vers
autres banques |
| TIGR |
génomes complets de microbes |
| HGMD |
mutations chez l'être humain |
|
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| Banques de motifs |
| PROSITE |
Banque de motifs protéiques utilisant des patterns ou des profils |
| PRINTS |
Banque de motifs protéiques utilisant des simples matrices de
fréquences position-spécifiques |
| Blocks |
Banque de motifs protéiques utilisant des matrices
position-specifiques pondérées |
| ProDom |
Banque de protéines groupées par méthodes de "clustering" |
| Pfam |
Banque de motifs protéiques utilisant des modèles de Markov |
| SMART |
Banque de motifs protéiques avec fonction régulatrice |
| TIGRFAMs |
Banque de motifs protéiques, classés par fonction, utilisés par TIGR pour annotation de génomes |
| Superfamily |
Banque de motifs protéiques utilisant des modèles de Markov,
basée sur la classification SCOP |
| InterPro |
Banque non redondante de motifs protéiques |
| Rebase |
Banque de sites de restrictions |
| TFD |
Banque de sites de liaisons de facteurs de transcription |
| TRANSFAC |
Banque de sites de liaison de facteurs de transcription eucaryotiques |
| TRRD |
Banque de sites de liaison de facteurs de transcription eucaryotiques |
| Rfam |
Banque de RNA non codants, utilisant des grammaires génératives |
|
|
| Banques de structures de protéines et de petites molecules |
| PDB |
Structures de protéines et d'acides nucléiques |
| CSD |
Structures de petites molécules |
| FSSP HSSP DSSP |
structures secondaires et alignements de protéines |
| SCOP |
Classification de protéines par familles de structures |
| CATH |
Classification de protéines par familles de structures |
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|
| Logiciels intégrés pour l'analyse de séquences |
| EMBOSS |
freeware réalisé par les noeuds du EMBnet |
| GCG |
logiciel commercial |
| Staden |
surtout pour le support des projets de séquençage |
|
|
| Outils pour la recherche par mots-clefs |
|
|
| Logiciels pour l'alignement de séquences et la recherche de similarités |
| DotPlot |
dotplot, logiciel pour DOS: chargez le fichier dotplot$.exe |
| DottyPlotter |
dotplot, logiciel pour Mac: chargez le fichier dottyplot.hqx |
| Dotlet |
dotplot applet au SIB |
| SIM et LALNVIEW |
Alignements suboptimaux, visualisation graphique |
| GeneMatcher |
Parcours de banque par alignement optimal
au DISC |
| BLITZ, BLAST, fastA, etc. |
et autres services au EMBL-EBI |
| BLAST |
Parcours de banque "heuristique" au NCBI |
| fastA |
Parcours de banque "heuristique" |
| BEAUTY, etc. |
BLAST avec output graphique amélioré et
autres services au BCM |
| BLAST et fastA |
BLAST, fastA et autres services à
GeneStream (Montpellier) |
| MSA |
Alignement multiple global optimal |
| CLUSTAL |
Alignement multiple global "heuristique" |
| SeaView |
Editeur d'alignement multiple |
| GeneDoc |
Editeur d'alignement multiple et préparation à la publication
d'alignements (pour Windows) |
| CINEMA |
Applet java éditeur d'alignement multiple |
| SeqPup |
Editeur d'alignement multiple et interface d'analyse
de séquences |
| DIALIGN |
Alignement multiple local par alignement par paires |
| Match-Box |
Alignement multiple local par recherche de "mots" |
| Gibbs |
Alignement multiple local par procédé statistique |
| mrtrans |
Alignement nucléique guidé par alignement
protéique: chargez le fichier mrtrans.shar |
|
|
| Logiciels pour la recherche de motifs et de régions codantes |
| Pratt |
Recherche de patterns |
| PIMA |
Alignement de séquences avec génération de pattern |
| MEME |
Recherche de profils sans gaps par procédé
statistique |
| HMMER |
Logiciel intégré d'analyse par modèle de Markov |
| SAM |
Logiciel intégré d'analyse par modèle de Markov |
| GeneMark |
Recherche de gènes potentiels |
| Grail, GenQuest, etc. |
Recherche de gènes potentiels et autres outils
pour l'analyse des génomes au ORNL |
| GENSCAN |
Recherche de gènes potentiels |
| FGENESH, etc. |
Collection d'outils de recherche de gènes potentiels chez SoftBerry |
|
|
| Logiciels pour la phylogénie |
| PHYLIP |
Logiciel intégré pour analyse phylogénétique |
| PAUP |
Logiciel intégré pour analyse phylogénétique |
| MacClade |
Editeur d'arbres phylogénétiques avec analyse par parcimonie,
logiciel pour Mac |
| TreeView |
Editeur d'arbres phylogénétiques |
| TreeAlign |
Alignement de séquences et phylogénie par parcimonie :
chargez le fichier treealign.tar.Z |
|
|
| Logiciels pour la sélection d'amorces PCR |
|
|
| Logiciels pour la visualisation et la prédiction des structures des protéines |
| RasMol |
Outil de visualisation de structures |
| Swiss-PdbViewer |
Outil de visualisation et d'analyse de structures |
| GOR |
Prédiction de la structure secondaire au SBDS |
| PredictProtein |
Prédiction de la structure secondaire |
| Jpred |
Prédiction de la structure secondaire |
| THEADER et GenTHEADER |
Assignation de la classe de structure tertiaire par "threading" |
| 3D-PSSM |
Assignation de la classe de structure tertiaire |
| PSA |
Prédiction de la structure secondaire et assignation de la classe de structure tertiaire |
| TMHMM |
Recherche de segments transmembranaires |
| TMAP |
Recherche de segments transmembranaires |
| Dali |
Parcours de banque par comparaison de structures 3D |
| VAST |
Parcours de banque par comparaison de structures 3D |
| SWISS-MODEL |
Modélisation de structure par homologie |
| MODELLER |
Modélisation de structure par homologie |
| CHARMM |
Simulation numérique de structures |
| AMBER |
Simulation numérique de structures |
| Rosetta |
Prédiction ab initio de la structure tertiaire |
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| Pour en savoir plus... |
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|
| ... Et pour finir |
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